浙江衢州孔庙是孔氏南宗所在地。是中国仅有的两处孔氏家庙之一。
浙江衢州的这座孔庙，建于八百多年的南宋时代。当时金兵大举侵犯中原，帝京开封沦陷，徽钦二帝被掳。新帝宋高宗南渡，孔子的四十七代孙衍圣公亦自山东老家南逃，受皇家照顾，赐居于衢州。衍圣公原指望赵家皇帝在抗金战争中获胜北返中原，重归故土，可是南宋王朝，苟且偷安，且把“杭州当汴州”。这位小小的奉祀官亦无可奈何，乃求助于朝廷及地方官府资助，沿袭曲阜孔庙型制在衢州建造了这座孔氏家庙。
浙江衢州市政府于2005年9月28日上午在孔氏南宗家庙举行公祭大典。参祭人员以新上岗的教师为主，旨在弘扬师德教育，突出教育界祭孔。此外，还举行中小学生《论语》朗诵比赛、小学生《论语》章句书法比赛展览等。 衢州孔庙为全国重点文物保护单位。
